Город Кантемир расположен на плато на юге республики, вблизи реки Прут (река). Через город проходит автомобильная трасса Кишинёв-Леова-Кахул. Город находится в 126 километрах к югу от столицы — Кишинёва, и в 1 километре от железнодорожной станции Прут, находящейся на ветке Бессарабка-Кахул.